No Oriente, tratou de garantir a segurança da navegação portuguesa no Oceano Índico, tendo organizado esquadras que policiassem as rotas marítimas e protegessem o nosso comércio. Fez sufocar revoltas em zonas de conflito, deu caça a corsários e conquistou cidades cujos portos eram centros de pirataria.

Com o prestígio alcançado, foi recebido solenemente em Lisboa por D. Sebastião. Reprovou os projetos marroquinos deste monarca, tendo-se escusado a chefiar a expedição a Marrocos, após ter sido convidado pelo próprio rei. Faleceu em Goa, pouco depois de ter recebido notícias do desastre de Alcácer-Quibir, da morte do cardeal D. Henrique e do domínio filipino. O seu corpo foi depositado na igreja dos Reis Magos, em Goa, e trasladado muitos anos depois para o convento do Bom Jesus em Peniche de que era donatário. Mais tarde, foi trasladado para a igreja de Nossa Senhora da Ajuda. Em 2017, comemoraram-se os 500 anos do nascimento do patrono deste Agrupamento.